Nach der Andacht im Dom nahm sich der heilige Vater nochmals viel Zeit für die Gläubigen in Freising, bevor er – diesmal nicht im Papamobil, sondern in einer gepanzerten Limousine – zum Flughafen aufbrach. Dort wurde er schließlich von Ministerpräsident Edmund Stoiber und der bayerischen Staatsregierung verabschiedet. Gegen 13:00 Uhr hob die päpstliche Maschine in Richtung Rom ab.